民办高校毕业证编码查询不出来，为什么？

这个要具体问题具体分析。
第一种情况：这个民办学校本身不具备独立颁发国家承认的高等教育毕业证的资格，因此它颁发的“毕业证”只是校内有效，只有学院自己的章，所以除了这个学校本身承认之外，别的任何地方、包括网上（其实学历查证唯一的网站是教育部制定的唯一“学历认证中心”的网站）都查不到，属于假学历。
第二种情况：这个民办学校个别专业也许已经纳入了国家计划内统招，你通过正常的高考被录取进去的，毕业后顺利拿到了国家承认的毕业证。其实，2002年以后，所有的正规的高等教育学历都可以在网上查到了，它指的是在教育部制定的唯一“学历认证中心”的网站，你找对位置是可以查到毕业证编号的。如果暂时没有查到，很可能是因为你去的网站不对。