我在国税局交了相应的费用后,想领取发票得另外交钱是怎么回事?

这可能是一项地方规定，是让你预交税款，预交的这部分税款在你进行申报纳税时抵项应交的税款。这实际上就是让你提前交税了。
如果你的连锁店是增值税一般纳税人，又在辅导期，这个预交税款是合理的。
如果是其他情况，主管税务机关这样做有点不合规定，但不能说是违法，这也是为了保证税款的正常入库。
没办法，你不交，他们不卖给你发票，很麻烦的。

这明显不合法呀,到国家机关办事,都是有正规发票的,哪有要再交税这回事的呀!