私营小企，老板的工资一直低于个税扣除标准以下

工资发放低，税务部门不会找你的。但如果实际发放高而未按规定申报的，税务局发现后会找你的。

其实这是明目张胆的违法，国家已经明文规定各地最低工资
遇到这种问题，理论上说税务部门要严查，事实上就是因为地方政府为了自己的利益，睁一只眼，闭一只眼，才造成了这种情况
问题的原由就是这样的，你说要是你怎么办呢

不会关注，就算问了，只要说单位效益不好，所以工资低

一般不会来查的，要是来查的话你就说我们老板不开工资，或是很少。