我刚在外贸企业当会计，请问核销的时候，想把水单分开核销，应该怎样做呢

你是手核销还是网上核销?
如果是在网上核销
不管你选择什么贸易方式,不管你是一下子核销一票还是核销几票,
总之在你添加核销单号以后,再添加水单信息,但要保证核销单上的金额要比水单的少，如果你的水单是100万,你添加的核销单金额是50万,那系统右上角那个"成交总价"就是50万,把这个输入到"本次核销:的"折美元"那栏,添加以后保证右上角的"报审差额"和"本次抵扣"是零,在保存数据就OK了.
剩余的金额就还在水单上可以下次核销.
希望能帮助你,
祝你好运!

手动修改核销系统右面窗口里的水单信息里的"本次核销额",把它该成你需要核销的金额,系统自动生成的"本次核销额"是水单的总金额.这样水单就会自动核余.就是水单的总金额-本次核销额.这个差额就可以用于其他核销单的核销.