我的学历证书在网上查不到 可以报考研究生吗

你有学位吗？查查学位吧，有学位考试就没问题。
如果是正规院校毕业或者自考，成人毕业都可以考研究生。
补充：不知道你是什么学校的二级学院，只要是正规的就应该没问题，你可以去问问你们原学校的教务处，他们应该知道哪里可以查到。