我司是增值税一般纳税人，到税务局为客户开具代垫运输费的发票，我司该如何入账

如果你们公司是承运人，那就不叫代垫运费了，而是你公司的收入，这个做“其他业务收入”处理。

如果是其他单位承运，那么发票应由承运单位开具，你公司代垫后将其与货款一并记入“应收账款”核算即可。

如果为代垫运费帐务处理为（注意：开具运费发票时，一定要在运费承担的一方税号前加“+”标志，这样对方可以抵扣7%的进项税额）。
借：应收帐款-XX单位
贷：银行存款

根据财务会计制度规定，代垫运费在应收帐款科目核算。

你们的分录为
借:应收账款
贷: 主营业务收入
应交税金--应交增值税
银行存款(代垫运费部分的支出)