请问公司发放的两院院士工资奖金是否有相关个人所得税免税的文件

每人每月200元的院士津贴免征外，其他都按规定计算缴纳个人所得税。
财政部、国家税务总局1995年12月18日财税字[1995]18号《关于广东省政府发给中科院院士、中国工程院院士、外国国家科学院国外院士和国家级外籍院士的生活津贴征收个人所得税问题的批复》

应该不免吧，你说的
个人所得税免税项目:按照国务院规定发给的政府特殊津贴和国务院规定免纳个人所得税的补贴、津贴

这个应该是政府发的才免，若是你们公司发，应该是要交纳个人所得税的

如果是公司给员工发放的，应该是要交纳税金的，