请问整理磁盘碎片对还未下载完的BT文件会产生问题吗？

应该不会。
因为，（从理论上说）磁盘经过反复读取，连续的文件变成了碎片（具体过程很简单，但很冗长），各个碎片间由指针相连，以免计算机无法打开“零碎”的文件。
整理磁盘碎片实质上就是删除相邻碎片间的指针，而未下载完的BT文件应该存在1个指针，指向断点。但是断点后的文件是在网络上 的，所以无法删除该指针
看了quake3best 的回答继续说下，你的比方并不十分恰当，你的意思是文件只是位置散乱，但是每个文件均为一个整体——即占用大容量存储器（一般是硬盘）的1片连续存储单元；但实际上文件是“破碎”了的！
楼主可以看看《计算机科学概论》第8版，第8章数据抽象有详细说明

电脑里文件相当于你放在书桌的书一类的东西
时间久了不注意自然就乱七八糟了
碎片整理相当于吧书那些东西重新放整齐
而你下载的文件就相当于其中一个本子
你正在这本子上写一篇没有写完文章
你整理书桌并不会影响你等下继续写你的文章