存货进项税额需要转出么

审计客户年终对部分老型号不再生产，又不能用于新型号的存货报废处理。聘请一家税务师事务所出具《财产损失所得税前扣除鉴证报告》，以满足主管税务机关对企业所得税前存货损失扣除的审批要求。税务师实施相关程序后，出具了报告。
今天上午，该客户接到税务机关通知，要求客户去税务师事务所修改报告，更改之处是税务师事务所将相关的增值税做了进项转出。

相关规定1．《增值税暂行条例》 的相关规定：第十条　下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；2．《增值税暂行条例实施细则》第二十四条条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。3.
财税[2009]57号《关于企业资产损失税前扣除政策的通知》十、企业因存货盘亏、毁损、报废、被盗等原因不得从增值税销项税额中抵扣的进项税额，可以与存货损失一起在计算应纳税所得额时扣除。分析1、从增值税条例及实施细则角度看
该客户存货报废原因是：老型号不再生产，又不能用于新型号。不是因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失；显然，它不属于“非正常损失”，无需将相应的进项转出。2、从财税[2009]57号《关于企业资产损失税前扣除政策的通知》角度看该客户的存货确实是报废了，应当转出相应的进项税。看法《增值税暂行条例》是行政法规；
《增值税暂行条例实施细则》（财政部第50号令），属于部门规章；二者都是正式的法律渊源。
财税[2009]57号是财政部与国家税务总局联合发布的政策。

<<财政部国家税务总局关于增值税若干问题的通知>>(财税[2005]165号第六条："一般纳税人注销时存货及留抵税额处理问题.一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格转为小规模纳税人时,其存货不做进项税额转出处理,其留抵税额也不予以退税”。因此，注销时企业的存货余额，税务局不应该要求企业做进项税额转出。
实际工作中应该核实企业库存是否帐实相符，如果实际库存小于帐库存，说明企业存在货物售出未做销售，应该按照销售价格补征增值税；也可能是发生非正常损失企业并未从帐务上处理，对损失的部分应该做进项转出处理，补征增值税。

再搞那些转出还有意义么？一般纳税人发票又不