考哪一种证书比较好?

建议考软件水平考试的“网络管理员”证书或“网络工程师”证书，软件水平考试是信产部和人事部共同合办的考试，属于国内认证中比较受认可的证书。
再有就是考思科cisco的网络工程师认证了，如ccna，ccnp等一系列证书。
不清楚你说的win2000 server证书是什么，微软认证中的mcse/mcsa吗？如果是的话，还可以考虑一下，如果不是的话，就没有必要去考了。
关于软件水平考试，可以看这里，希赛网软考频道：
http://rk.csai.cn

想更多了解计算机认证，可以看我以前在百度知道回答的一个问题：
关于计算机都有哪些可以考的证书?
http://zhidao.baidu.com/question/36891971.html

希望对你有帮助。