海关增值税发票

对于纳税人丢失海关完税凭证，增值税方面相关规定是这样的：
纳税人应当去海关说明情况，取得与此完税凭证相关的证明。然后拿这个证明向主管税务机关申请抵扣。
主管税务机关受理后，进行审核，并将纳税人提供的海关完税凭证电子数据纳入稽核系统比对，比对无误后，可予以抵扣进项税额。

其他方面，拿取得的证明入账就可以了。

国家税务总局对进口增值税专用缴款书丢失如何进行税务处理没有统一的规定。对丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票（国税发〔2002〕10号）、遗失出口货物增值税专用发票（国税函〔2002〕827号等作了明确规定。你公司可向主管税务局咨询是否可以比照上述规定执行。
一、
国家税务总局关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知
国税发[2002]10号

各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局:
为解决增值税一般纳税人(以下简称一般纳税人)丢失增值税专用发票产生的涉税问题，现将一般纳税人丢失增值税防伪税控系统开具的增值税专用发票的有关税务处理问题明确如下:
一、一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前已通过防伪税控认证系统的认证，购货单位可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”(样式附后)，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前未通过防伪税控认证系统的认证，购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证，认证通过后可凭该发票复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
二、一般纳税人发生丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票情况，必须及时向所在地主管税务机关报告，税务机关应对其报告的丢失发票是否已申报抵扣进行检查，对纳税人弄虚作假的行为，按照有关的法律法规