植物人是不是灵魂脱离了肉体呢?

如果将来还会有机会唤醒的话，应该没有脱离肉体。

圣经指出，仅当人死亡的时候，灵魂才与身体分离，所以应该说植物人的灵魂仍然在身体之中。使徒行传说一个少年从楼上摔下，以为他死了，但是保罗说他的灵魂还在身上，这与植物人有类同之处。

徒20:9 有一个少年人，名叫犹推古，坐在窗台上，困倦沉睡。保罗讲了多时，少年人睡熟了，就从三层楼上掉下去。扶起他来，已经死了。
徒20:10 保罗下去，伏在他身上，抱着他，说，你们不要发慌，他的灵魂还在身上。

但是圣经中也有保罗的灵魂升到三层天的叙述，这是特例。

林后12:2 我认得一个在基督里的人，他前十四年被提到第三层天上去。或在身内，我不知道。或在身外，我也不知道。只有神知道。

人活着就有灵魂，圣经指出：
创2:7 耶和华神用地上的尘土造人，将生气吹在他鼻孔里，他就成了有灵的活人，名叫亚当。
人与动物最根本的区别在于人有灵魂，而动物没有灵魂。在这个意义上不能称人为高级动物。但是人的身体又与动物有很大的相似，都是泥土造的，所以人有利用动物作药物试验等，为人类服务。

人死后并没有消失。信基督得救的人死后，他们的灵魂就到天上与基督在一起，参见下面两节经文。
腓1：23：我正在两难之间，情愿离世与基督同在。因为这是好得无比的。
启20：4： 我又看见几个宝座，也有坐在上面的，并有审判的权柄赐给他们。我又看见那些因为给耶稣作见证，并为神之道被斩者的灵魂，和那没有拜过兽与兽像，也没有在额上和手上受过它印记之人的灵魂，他们都复活了，与基督一同作王一千年。

不信的人他们的灵魂将到寂静之处，参考诗篇115：17： 死人不能赞美耶和华。下到寂静中的也都不能。

到末日，信与不信的人都要复活，信基督的人身体复活后，与基督在一起，到新天新地；不信的人将要受审判，并下到地狱受永恒的惩罚。
约5：29： 行善的复活得生，作恶的复活定罪。
这里行善的，就是信基督得救的人，作恶的就是不信的人。