请问有没有一种可以计算出U盘的总容量（包括隐藏文件）

其实没有这种必要。正确安全保护措施就是安装好杀毒软件就可以了。
记得把杀毒软件的病毒库更新到最新版本。U盘的病毒是很容易对付的。

如果一定要算的话也可以办到。就是很麻烦。

文件小的话可以用WinRAR这类的压缩软件把他们全部压缩好。（主要指一些文档、文本文件极少软件的情况下）

右键.rar压缩包的大小。看字节。

还有一种办法就是用 WinMD5 工具。任何一个文件都有它们独一无二的MD5值。

上述这些办法主要是确定文件的完整性。
如果你U盘里的东西大多是文本文件的话。建议用RAR压缩起来就可以了。U盘病毒一般不会感染.RAR、.ZIP等类型压缩包的。

关于更安全的设置：
打开任意一个文件件，工具 - 文件夹选项 - 查看 - 将 【隐藏文件中的扩展名】的勾选项去掉。再将【隐藏文件和文件夹】选中【显示所有文件和文件夹】

了解什么是MD5
http://baike.baidu.com/view/7636.htm

下载最新版本的WinMD5(完全免费的共享软件)
http://download.17173.com/files/15/2004/08/19/1853/

下载WinRAR
http://www.winrar.com.cn/

呵呵呵呵 你想用这个差病毒啊？ 不是很麻烦么 U盘现在的病毒越来越猖狂 最好还是出现病毒了就格式化 要是用这种方法看有没有病毒