请问厂家仍将撤消日期前未结的运费继续打入原先指定的帐户是否违法？

这其实谈不上违法，只能说是工作没有做到位，或者说程序中出现了一点误会和不到位的情况。

现在，一方面你和厂家联系，说明情况，避免以后更多的资金流向。
另外，就和原委托人联系，让他把收到的资金交到公司就是了。

没有什么严重的，只是费点事就是了。
关键就是做好客情关系！！！！及时沟通！！