我国一直有尊师重教的优良传统，毛泽东也很尊敬他的老师，但为什么文革中红卫兵会把老师称为“臭老九”呢

这才叫做“革命”。
中国人民要革命，革什么命？就是要革一切“旧传统的命”。旧的一切，要统统砸掉，为的是脱胎换骨造就一个新世界（这个可以等砸完再说）。旧的时候，老师高高在上，不懂得向劳苦大众低头，学生就得听老师的；所以到了新社会，就要打破这种不平等关系，革他们的命。
这就是“革命”的逻辑。

回答这个问题，先得了解什么是“批林批孔”。

1973年7月，毛泽东在对王洪文、张春桥的谈话中指出，林彪同国民党一样，都是“尊孔反法”的。他认为，法家在历史上是向前进的，儒家是开倒车的。毛泽东把批林和批孔联系起来，目的是为防止所谓“复辟倒退”，防止否定“文化大革命”。江青一伙接过毛泽东提出的这个口号，经过密谋策划，提出开展所谓“批林批孔”运动，把矛头指向周恩来。

1974年1月18日，毛泽东批准王洪文、江青的要求，由党中央转发江青主持选编的《林彪与孔孟之道》，“批林批孔”运动遂在全国开展起来。

“批林批孔”运动从1974年年初至同年6月，历时半年左右。在这期间，江青一伙借“批林批孔”之机，到处煽风点火，大搞“影射史学”，批所谓“现代的儒”、“党内的大儒”，露骨地攻击周恩来总理；他们借批林彪“克己复礼”，影射周恩来总理1972年以来进行的调整工作是“复辟倒退”、“右倾回潮”；他们还极力吹捧“女皇”，为其反周“组阁”阴谋大造舆论。毛泽东发现江青一伙借机进行夺权活动以后，对他们作了严厉的批评，斥责他们是“四人帮”，使他们反周“组阁”的阴谋失败。

这次“批林批孔”运动，不但在历史研究领域和社会伦理道德方面造成混乱，搞乱了人们的思想，而且在江青一伙煽动的所谓“反潮流”的冲击下，使周恩来主持中央日常工作以来出现的各方面工作好转的局面又遭到挫折。

经过千年的发展，儒家已经成为中国社会的主流，知识分子学的都是儒家，而儒家在元朝时被分作第九等，所以才被红卫兵被冠上“臭老九”的头衔，成为社会最卑贱的阶层。

毛泽东并不是不尊重老师 而元朝时人分十等：一官二吏 三僧四道 五工六匠 七农八娼 九儒十丐
当时正在“批林批孔”因此所有的知识分子都被扣上了臭老九的帽子

他老了，什么都变了。人是会变化的。
那时压倒一切的是