税务局是从哪里知道这些的？

来源于增值税的报税和认证信息。
增值税一般纳税人每月月初要对自己的防伪税控开票系统的开票情况进行抄税，然后上报税务机关，而取得的增值税进项发票要进行认证，税务机关将企业的开票报税信息和认证信息同时上报税务总局。税务总局汇总全国的开票和认证信息然后进行比对，也就是每开具的一张增值税发票的开票信息和认证信息要比对成功，如果开票信息三个月（认证的期限为90天）内没有对应认证信息，那就属于滞留票，国家税务总局就会将未认证的信息传递给购货方主管税务机关。就像的的主管税务机关查你的100多万的进项税没抵扣的原因一样。没有认证信息有的情况不属于偷税问题，如：
一、超过了认证期限没有认证，但发票入帐只是没有抵扣税款；
二、购入的货物属于不允许抵扣项目（固定资产等......），因此企业没有认证，但此票已经入帐。
如果没有合理的理由，就属于购进货物不入帐，帐外经营达到偷税的目的。

不过根据你的描述不属于帐外经营，而属于非法取得抵扣凭证抵扣增值税达到少交增值税的目的。这种情况购销双方都要进行处罚的。销方属于虚开增值税专用发票，购货方属于非法取得抵扣凭证。问题很严重的！！！

你说“30多万的普通发票只字不提”，主要是取得普通发票不可以抵扣，因此没有认证信息，。普通发票通过开票系统开具发票，杜绝企业企业开具大头小尾的开票行为，起到了源泉控制收入的作用，又由于没有抵扣的功能，因此不需要认证的。

增值税专用发票是可以抵扣的.增值税专用发票受税务部门的严格控制.税务部门主要就是利用发票来掌控税收的.