我公司收到一张发票.认证通过后对方将发票作废,该怎么处理?

是要做进项税转出 。
分录为：借：主营业务成本（或：原材料等）（注要看具体的经济业务进项是为什么转出的，决定借方科目的使用）
贷：应交税金-应交增值税--进项税额转出

这种事情都错在对方，因为税务局有要求，防伪税控发票作废的前提条件是：已开具的增值税专用发票的各个联次必须全部收回的前提下才能作废，对方在没有收回发票联和抵扣联的情况下作废发票，属于违规操作，就像楼上网友所说的一样，过后你们单位会接到稽查通知，把情况如实说明就行了。

是，由于对方未抄报税，造成无法比对，你应直接将该发票的进项做进项转出。

跟专管员说，也让对方跟专管员说，然后做进项转出，过后你们单位会接到稽查通知，把情况说明就行了。