生物的克隆体和母体是否99.9……%相同

不一定
在生物学中在细胞质中也有遗传物质
所以克隆体会与提供细胞质的细胞提供者有相似之处

是啊
因为是无性繁殖啊,
生物的遗传物质主要是在细胞核里

从外形上看是的，而且要取决于克隆的技术是否完美。
但从内部器官来看就不是了，据说多利羊被克隆出来，由于内部器官的缺陷活不到几岁。而且克隆出来的生物大部分是患有病变的，器官发育不完全，缺少器官等等，所以...

是,因为基因有变异,和环境也有关,所以有一点不同

不能却定。