办营业执照的时候把我哥也做为股东。那我要注册商标时，那不是也要写哥哥和我的名字在上面啊。

如果你的营业执照是公司的话，那只会有公司的名称而不会有某个股东的名字。不过这就是公司的财产而不是某个股东的财产了。
你如果不想让他成为公司的财产想只是你自己个人的，你可以去办一份个体工商户的营业执照，然后凭这份营业执照去申请，然后申请人写你自己的名字就是了。

以公司名义申请商标，然后在公司与你之间私底下签定一份合同写明商标所有权属于你就OK了

不用，注册商标是用营业执照，是公司行为，跟自然人没关系。

以公司名义注册商标，则商标是属于公司的。需要提供公司营业执照。
若以个人身份注册商标，则商标属于个人的。需要提供个体工商营业执照。