我公司有二级股东怎么操作才能明确权责?

看来A在公司里应该是大股东。
由于公司是A和B的，C的加入如果是要以股东的身份，就得与B进行协商，在A同意的情况下还要征得B的同意，因为这涉及到修改公司章程以及相关利润分配协议的问题；若C只是以事先和A协商好的方式而不是以股东身份进入公司，也应该征得B的同意才行，因为在公司里，会涉及到使用公司资源的问题。
与C合作的第二个项目应该作为一个独立核算的项目。B和C各自只在自己和A合作的项目里任责。财务、人事、运营都应该有明确的分工，以便于进行相关的成本核算，以及往后的利润分红。