我的男朋友是近亲结婚的后代而且肢体有残障

肢体残障如果是后天造成的话根本不用考虑对后代的影响，那和基因没关系。而近亲结婚之所以被禁止，是因为那样出生的后代出现基因遗传病的可能会大大增加，并不是说一定会有病，如果出生后没遗传病的话也就一切正常，不会影响后代。
但是如果他的残疾是先天的话，就要考虑下了，小孩遗传的可能性比较大，可以通过基因控制帮助。

会有啊，近亲结婚的说白了，就是劣等基因

看看他的基因是否有缺陷，有影响也是一定几率，近亲结婚的后代还有一定几率是正常的孩子呢

有可能 比正常人大