北京的外资企业在上海和当地的企业设立合资公司，是否需要征询北京市的外经贸或者其他政府部门的同意？

政府程序主要看拟成立的上海合资公司所属的行业，如果是《外商投资产业指导目录》鼓励类或允许类的，直接到上海工商局登记，如果是限制类的，则需北京市商务局审批，再拿着批复到上海工商局登记（如果上海的公司也是外资企业的话这一套同样适用）。

上海这边对于再投资的外商投资企业的赢利、投资额占净资产的比例实际上仍然是有要求的。

需要。
至少要经过外经贸和工商等部门。