普通主板和整合主板的整体性能有没有区别？

没有。
整合主板是为那些没钱买独立显卡或是用不到高性能显卡的人设计的（可以这么说，主要买的人也是这两种）。
普通主板是为买独立显卡的人用的，
整合主板除了有集成显卡之外，和一般的主板没有什么区别（当人是在芯片组性能差不多的情况下）。
而整合主板只要在芯片组一样的情况下他的性能和一般主板是没有区别的（当然要除去显卡这一项，毕竟现在最垃圾的独立显卡也比集成的好多了）。