请问.本公司通过银行基本户打卡方式支付工资,在普通支票的背面第一背书人要盖法人章和财务章么?

不需要，因为发工资的时候，你们实质上属于付款方，所以在正面加盖即可。

一般来说工资户和基本户是分开的

补充：怎么可能没有分开呢？自己开张支票，收付款人都是同一个账户，银行也不干阿~可能同行不同户。你要是盖了，就把这张作废，重新再开一张