请问《黄帝内经》中的“黄帝”和古代的“皇帝”应该没什么关系吧？

当然没有关系。
黄帝是远古时期中华民族的首领，又叫轩辕氏。
黄帝内经约成书于秦汉时期，非一时一人所作，而是由众多的医家编著而成。以黄帝与岐伯讨论问答的形式阐述医学问题，被后世看作是奠定了中医学理论基础的著作。该书假托黄帝之名是为以正视听。
皇帝则是中国古代封建时期帝王的称呼。

没关系
这里的黄帝指的是 炎黄二帝 的 黄帝
皇帝这个说法是从秦始皇才开始的 黄帝很早很早了（当然很多都是传说）
不过 这本书 成书不会早于秦代
这里只是借用 黄帝 的名头 来给书“正名”让大家觉得 书 很权威嘛
就像前些年有人写武侠小说 取名 全庸 古蛇 什么的 一样

当然没有关系
黄帝指的是具体的一个人
中国人被称作“炎黄子孙”，就是因为是黄帝的后代
而皇帝指的是一个职位，古代历朝历代都有很多皇帝

黄帝相传是"三皇五帝"之一;而皇帝是秦始皇认为自己功比"三皇五帝",李斯提议取"三皇五帝"中"皇""帝"二字,创立皇帝制度

没有关系。