我们公司同时拥有3个名称，两个是在北京注册的，一个是在天津，我是公司的会计，如何处理这几个公司的业务

分别处理，分别做报表，保税！到月底再做一份汇总报表就可以了！

一个公司只能有一个名字，这个跟人是一样的，身份证上的姓名是唯一的。你说的情况应该是注册了三个公司。
学过会计的人都应该知道，会计基本假设第一条是“会计主体”。这三个公司是三个不同的会计主体，所以要分别进行核算，如果存在母子公司的关系，则应编制合并财务报表。