请问有没有一款软件可以把MP3,WMA转换成FLAC格式的啊？

音质和音效不是一个概念。

flac的音质是要好一点，但那是指直接从原版CD转出来的FLAC。
从MP3和WMA转成的FLAC，习惯上称为“伪FLAC”或者“假FLAC”，仅有MP3的音质却和FLAC一样大体积。这种东西毫无意义。
想要靠转换格式来提升音质是完全不可能的。

如果只是想提升音效，用Winamp播放时使用DFX插件就可以了。别的播放器也可以调整均衡器来改变音效。