关于古代庙宇所有权问题

庙宇土地及建筑物所有权不同于一般房屋所有权的确定。
庙宇土地及建筑物所有权均应收归国家所有了。
如果你想从法律对房产继承规定方面探讨的话，凌姓家族向法院提起诉讼要求确认产权，那他需要提出证据（上主张上举证），他的证据应是“而后 程姓后人继承契约， 后因某种历史原因 流转至 凌姓家族. ”的契约。
那这个契约就很重要了，如果已注明买卖人，那他只会证属程姓。
如位注明买卖人，程姓可通过人证及查找有关历史文字资料否定其（凌姓）持有契约这一事实的证明力。

庙宇土地及建筑物所有权都应归国家所有.
所以,从庙宇契约谈它的归属是没有意义的
至于土地使用权,特别因为你说的"某种历史原因"流转至 凌姓家族. 在取证方面比较困难

从你的描述中看，这座庙应该是一座小庙宇，距今有100多年的历史。我国对宗教财产在立法上并未特别规定，一般大的庙宇都属于文物，其财产所有权属于国家所有，庙宇的僧人享有管理权而非所有权。至于你提到的这座庙，如果确定为文物的，那么就不存在所有权之争了。如果不属于文物，那么就是普通建筑，只不过功能有些特殊，可以依照我国土地管理法、民法、继承法的相关规定进行操作。
依照你所讲的情况来看，我估计这座庙应该是在农村的，农村中个人自建庙宇一般是作为宅基地进行处理的，周边土地如非耕地，也是作为宅基地处理。宅基地可以进行继承，凌家依据继承关系获得了庙宇房屋的所有权，这个应当是受法律保护的，庙宇的所有权应当归凌家所有。不过听楼主的意思，好像凌家继承庙宇之后，庙宇的维护和供奉仍然是由吴姓与程姓两个家族在进行的，那么吴、程两家可以据此要求凌家支付管理费用。