“非然也”与“虽然”中的“然”意思一样吗？

“虽然”在古文中的意思有两个。一个是同现代汉语意思，表转折，另一个是分开理解，表“即使这样”。“非然也”，然是“这样”的意思，可以和“虽然”的第二层意思相吻合。

一样的。

“非然也”中的“然”：这样
“虽然”中的“然”：关系连词（古意：这样）