我原籍是诸暨的，去绍兴读书时户口又转到了绍兴，现在在萧山工作，但想迁回诸暨，但是档案在萧山

可以的，档案没关系的，你在哪里工作，工作单位会把你档案掉来的。
你回家，到家里的所在派出所打张你和你父母关系的证明，然后到绍兴你的户口安置地开张户口迁移的证明，接受地写你家乡的人事局就可以了
老大，下次给点分数啊，要不谁来回你的问题哦。