银行担保能否与开信用证占用一个额度?

可能你们当初交足保证金的话就没类似问题。
银行出担保函有一定风险，如果你们没有交全额保证金，需要占另外额度也是正常操作。
如果怕产生滞港费，那么就和出口商那边商量是不是能电放，或者下次进口的时候让对方2/3提单议付，1/3直接寄给你们。这当然要看你们贸易关系如何了。

银行没什么不对
船东如不要求信用证以外的担保，当然这事也就无从谈起
但现在船东要求第二次担保
这时银行要求额度没什么不对

没有交全额保证金，需要占另外额度是正常操作。