信长之野望12军团长可否手动任命?

应该就是你选中那批人中官最大的一个自动当。想让谁当就让他官最大或者把太大的（织田信X之流）去掉就是了。

军团长是你所选城市中与大名最为亲近的人,首先是一门,没有一门那就是仕官最久的.在革新PK里,如果没有一门,那就是谱代,没有谱代才是仕官最久的.

把你不喜欢的人 调到你身边

不能，军团长首先选的是和大名最亲近的武将或有继承全最高的一门。
你可以把想任命的武将放在一座城中（城里就他）然后把他委任成军团，再合并城市