口袋怪兽绿宝石到达双鹿市后

然后到127号，128号水道，看见是深蓝色的区域就使用潜水，如果是潜到了双鹿市就记住位置，先不进去，直到潜到进入一个山洞后有个潜水艇的地方就对了，进去后里面回游大量的水之团成员，一路打倒不少人后来到最里面，会发现水之团的首领（蓝宝石）或是熔岩团的首领（红宝石）和传说中的神兽。但因为神兽发怒将整个海底山洞破坏了，神兽也不知去向，而且天空中也下起了大雨（蓝宝石版是下雨，红宝石版是刮沙尘暴）

随后赶到双鹿市，会发现神兽逃到了镇里的山洞里，在山洞中随便还拿到了07号秘传机器（攀瀑布），最后到了洞的最深处，与神兽交战，大战一场后终于将它收入球中，这时大陆上的天气也恢复了正常。

出山洞后镇上的会馆也开门了，进去解决掉最后一个会馆，相信有神兽的力量应该是非常简单的吧~~。打败首领后得到了最后一个徽章，并且攀瀑布也能在平时使用了。

最后到128号水道，使用攀瀑布山优市，通过冠军之路来到了四大天王这里，这次的四大天王实力不凡，等级高不说，能力都十分的强，第一次打之前一定要做好充足的准备，在打完四大天王后会和上届的冠军交手，结果没想到竟然是屡次给主角帮助的人（就是给主角喷雾剂，有时还给秘传机器那人）打败他后主角成为新的冠军，并且把自己的队伍存入电脑，做为纪念（老套，每代都是这样~）

在道谷市右边有一所研究所，里面被熔岩团占领。来到二楼，发现代后正被一个小头目和首领缠住，上前便可与代后组队作战，每人可用3只精灵。
以下是熔岩组资料：
火山骆驼 36级 and 恶啸狗 42级
火山骆驼 44级 and 大嘴蝠 40级
黑蝙蝠 43级 and 恶啸狗 38级

以下是代后的资料：
NO.375 双臂恩古 42级
NO.227 钢鸟 43级
NO.306 钢甲暴龙 44级

打败熔岩团的人后，去道谷市左上角的屋子，代后会送你秘传机08潜水。离开道谷市，在127号水路使用潜水，在水中一直往下走，进入一个洞窟，发现潜水艇就在这里。上岸后击败路上水之团的人，来到深处，遇到水之团首领，还有海皇牙。对话后要与水之团首领对战，以下是水之团首领的资料：
恶啸狗 41级