我人在昆山，买了昆山到上海的动车，再从上海到北京，那我可以在昆山办理火车托运吗？

你的行李是托运到北京的吧！

可以办理，你在办理的时候一定要说清楚是办理到北京的，而不是随车的。

问题补充：那要用火车票去办理吗？
不需要，因为你的车票是到上海的，拿去了也没用！你只要和托运处说明白是到北京的就可以了。