司法机关在保护未成年人（包括有违法犯罪行为的未成年人）方面，主要做了哪些工作，还有哪些不足？

我国未成年人享有的合法权利分别规定在不同的法律当中，主要有：
1、宪法。比如宪法第四十九条关于“婚姻、家庭、母亲和儿童受国家的保护”，“父母有抚养教育未成年子女的义务”的规定，是未成年人在家庭中享有的各项合法权利的根据；宪法第四十六条关于"中华人民共和国的公民有受教育的权利和义务"的规定，是未成年人享有的受教育权利的根据。
2、未成年人保护法。1991年9月4日通过的未成年人保护法，是一部对未成年人的各项合法权利进行专门保护的法律。它具体规定了保护未成年人的指导思想、保护内容、保护工作的原则，对未成年人的合法权利予以家庭保护、学校保护、社会保护和司法保护的方法与内容，以及各种侵害未成年人合法权益行为的法律责任，是一部保护未成年人合法权利的基本法。
《未成年人保护法》对未成年人的司法保护作了如下规定：
“第三十八条　　对违法犯罪的未成年人，实行教育、感化、挽救的方针，坚持教育为主、惩罚为辅的原则。
　　　第三十九条　　已满十四周岁的未成年人犯罪，因不满十六周岁不予刑事处罚的，责令其家长或者其他监护人加以管教；必要时，也可以由政府收容教养。
　　　第四十条　　公安机关、人民检察院、人民法院办理未成年人犯罪的案件，应当照顾未成年人的身心特点，并可以根据需要设立专门机构或者指定专人办理。
　　　公安机关、人民检察院、人民法院和少年犯管教所，应当尊重违法犯罪的未成年人的人格尊严，保障他们的合法权益。
　　　第四十一条　　公安机关、人民检察院、人民法院对审前羁押的未成年人，应当与羁押的成年人分别看管。
　　　对经人民法院判决服刑的未成年人，应当与服刑的成年人分别关押、管理。
　　　第四十二条　　十四周岁以上不满十六周岁的未成年人犯罪的案件，一律不公开审理。十六周岁以上不满十八周岁的未成年人犯罪的案件，一般也不公开审理。