清朝中央集权的示意图

努尔哈赤起兵时实行的是军民合一的八旗制度，政治权力集中于王公贵族，重大决策由贵族共同讨论决定，是为满洲议政王大臣会议。后皇太极于天聪五年（公元1631年）仿明朝制度设立六部，试图逐渐削弱满洲贵族权力。皇帝试图实行中央集权的努力主要集中于清朝前期。
顺治七年（公元1650年），顺治皇帝对八旗制度进行改革，由自己亲自掌握正黄、镶黄、正白三旗，形成了“上三旗”和“下五旗”，改变了以前八旗由不同王公掌握的局面，同时加强上三旗的实力，满洲议政王大臣会议的权力有所削弱。
清朝设六部（吏、户、礼、兵、刑、工），各部长官称尚书，副长官称侍郎，以前尚书均由满人担任，顺治元年（公元1644年）规定尚书及侍郎满、汉各一。在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府、都察院。清朝官员等级分“九品十八级”，每等有正从之别，不在十八级以内的叫做未入流，在级别上附于从九品。
康熙十六年（公元1677年）康熙皇帝设立南书房，起初是康熙帝为了与翰林院词臣们研讨学问，吟诗作画而设。因在乾清宫西南角特辟房舍故名南书房。由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”。南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。
雍正七年（公元1729年），清军在西北与准噶尔蒙古激战，为及时处理军报雍正皇帝始设军机房，雍正十年改称军机处。乾隆皇帝即位后服孝，安排数位“总理事务王大臣”进入军机处，故改名总理事务处。乾隆二年（公元1737年）乾隆服满亲政，总理事务王大臣等自请罢职，恢复军机处名称，自此遂成定制，军机处成为直接对皇帝负责的核心权力机构，满洲议政王大臣会议的地位更被削弱至几乎可忽略不计，政治权力全部掌握在皇帝手中，成为清代中央集权制度的顶峰。直至宣统三年（公元1911年）四月初十清廷宣布成立“责任内阁”，军机处废止。

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