公司是增值税一般纳税人。现在是辅导期，

是的，辅导期增值税一般纳税人抵扣进项税额实行“先比队，后扣税”（非辅导期增值税一般纳税人为认证的当月抵扣），即当月认证次月抵扣，如果不抵扣以后就不能抵扣了。实际上所说抵扣就是财务上计入“应交税费-应交增值税”借方的进项税额专栏，很可能出现当月的进项大于销项，不过没有问题进项大于销项属于留抵税金，以后月份可以继续抵扣直到抵完为止，他是没有期限的。

辅导期一般纳税人帐务处理和申报应注意的事项提供给你：

帐务处理：在应交税金科目下增设“待抵扣进行税额”二级科目。

企业认证后
借：库存商品（或其他相关科目）
借：应交税金-待抵扣进行税额
贷：银行存款（或其他相关科目）
收到比对结果后
借：应交税金-应交增值税（进项税额）
贷：应交税金-待抵扣进行税额

认证的当月填在附表二24行“本期认证相符且本期未申报抵扣”栏，次月收到比对结果（《稽核通知书》）后方可抵扣（《稽核通知书》一般在认证次月月末收到，特殊情况会更晚一些，但申报期内肯定能购收到，因此认证的次月必须抵扣），抵扣数额填在附表二第3行“前期认证相符且本期申报抵扣”栏，附表二第3行与《增值税纳税申报表》12行“进项税额”栏相等。

那5万作为留抵税额，下月可以抵扣的。
辅导期是当月认证，次月抵扣的，就是你拿到比对结果的那个时候抵扣。
没有抵扣完的填在期末留抵税额这栏