增值税不在企业利润中核算，但它也是企业支出，想问下那是不是会计里的净利润不能真正反映企业的净收益？

不能因此怀疑净利润反映企业净收益的问题。
举一个简单的例子：
购入货物100元，进项税17元；销售此货物收入200元，销项税额34元。这样应交纳增值税17元（34-17）。不考虑其他费用。
此时，这笔业务的利润是：200-100＝100元
如果把增值算进去（会计中不这样算，这里仅用其说明一个道理），这笔业务的利润是：
（200+34）-（100+17）-17＝100元
所以，增值税与利润是无关的。