持法国商务申根签证能否经法兰克福入境意大利?

能。只要是申根就行。
好象不一定会问你的，要看情况。即使问起，也不要紧，随便说两句，就过关了。

把法国的商务活动安排准备好，问起的时候解释就是了。开会前去别的地方玩玩，总是合理的。

最好是出发前通过网上买好米兰到法国目的地的火车票，提前购票便宜，需要时又可以说明问题。