公司扣我60元社保费,怎么到帐只有20.29元

有统筹帐户和个人帐户的。你查的是个人帐户，实际上公司帮你缴纳了60，你自己缴纳了60，到你个人帐户的是20.29，其余的到统筹帐户了。
统筹帐户是以后养老，住院，大病的时候用的。

这20.29是入帐的医疗费吧，应该还有其他养老帐的，你可以咨询一下深圳的社保电话12333，应该不只是这20.29。
根据你所说扣60元应该是差不多的，还有较大一部分是公司出的。