今天（2008.03.16）公布的公告，最高检察院院长和最高法院院长的顺序，有什么规定吗？

首先纠正一下，人民检察院的负责人称检察长，不是院长
一般来说，两高的负责人顺序没有特别的规定
不过，根据中华人民共和国宪法第六十二条关于全国人大的职权的规定
“（七）选举最高人民法院院长；（八）选举最高人民检察院检察长；”
一般的顺序就是法院在前，检察院在后
就是这样的了

没什么规定，都是独立系统，都属人大监督并选举产生负责人，一般先公布法院，因为许多司法最终程序是通过法院终结，还有一些法律问题由最高法院解释。况且检察机关主要涉及刑事诉讼和反腐工作，而法院除了审理终结以上案件还涉及民事案件等，且决定刑事案件的最终性质。