十一届政府部门中，咋没有国家海关总署？

海关总署属于国务院直属机构，不是国务院组成部门。
区别在于：
1、国务院组成部门首长由全国人大会议或全国人大常委会决定（总理提名），而直属机构首长由总理直接任命；
2、国务院组成部门首长可以参加国务院全体会议，而直属机构首长不能参加。
意思就是直属机构比组成部门低半级。

部分直属机构也是正部级的