所有生理活动所需要的能量都直接来自atp供能？

不，
1，从DNA合成RNA的过程中，伴随这ATP,GTP,CTP,UTP高能磷酸键的水解。
2，在RNA翻译后修饰中，都是GTP供能。
3，在糖原合成中，UTP也是供能者之一。
4，在合成代谢中，NADPH以还原力形式携带能量，直接供能。
5，在生物体中，高能磷酸化合物还有磷氧键型，氮氧键型，硫酯键型的其他化合物在氨基酸，核酸代谢及其他生理活动中起着作用。

所以，楼主的问题肯定是错的。但是我们吃的饭，分解代谢大部分都是转化成了ATP，一部分转化成了上面提到的NADPH。
总之，所有的生物化学反应都是伴随能量的变化和消耗的，只能说大部分的非自发的反应都有ATP来驱动，ATP是主要的能量直接供应者。

并不是这样.还有其他物质,比如短跑急速跑时,有部分能量来自磷酸肌酸

是这样的，磷酸肌酸也要转化成ATP

其他的我不知道，但是有一点我可以肯定：GTP也可以在生理活动中直接供能。

应该是那样吧