360会不会把支付宝、flash player之类有用的插件也卸载了的？

放心使用360吧，不会像楼主说的这样的，你打开360后有个清理恶评插件的菜单，扫描后会分类插件的，像这类证书等插件都是正常的，所以没事，而且清理插件都是扫描后自己手动来选择清除的！

360不会主动卸载程序的吧，装了这么久即使是恶评软件如灰鸽子变种0006，变速齿轮都不会主动卸载的

就算是病毒，也不会在“沉默中执行”…会先问问你的意见。。。

放心使用没问题，一般除了一些恶意软件如雅虎助手这类，它直接就清除了，你说的不会的，它里有插件管理，是你自己可以管理的，你可以把你喜欢的插件设为信任插件就行。随你便，没问题。