新开办的外商独资企业，还未装开票系统，也就未开具增值税发票，是到税务机关窗口还是网上报税?

这几项都是无关联的.有没有使用开票系统,有没有自行开具增值税发票,同大厅申报或网上申报是没有关系的.至于到底使用何种申报方式,应听从税局的意见(就算是使用网上申报,也得先经税局批准并给予权限才行),所以请先联系当地国税分局.