两个不同的网络协议能实现沟通吗?

首先你要理解协议的意思。
你可以把协议看成是一种语言，比如英语和汉语
两个人一个只会英语一个只会汉语，能沟通么？
显然不能，那么这两个人怎么样才能进行联系呢？
在中间加一个懂双语的翻译就可以了

协议也是如此

按你说的协议，若两端的设备都只支持各自的协议，当然是不能互通的，因为他无法协议对端发来的协议报文。
中间加入一个对两中协议都支持的设备，就能够起到一个翻译的作用。

比如如下的组网：

modem（猫）---dslam（DSL接入复用器）---bas（宽带服务器）

modem和dslam之间走的是DSL线，是ATM网络，二层的协议是ATM。
dslam和bas之间是以太网，二层是802.3协议。
modem和bas各自支持自己的协议，中间就是靠dslam来做一个翻译。
当然，dslam的作用远不只如此。