发票90天的认证时间马上就到了，我该怎样解决？

对方到税务局开证明。你这边开红票冲回后，再重新开。

第十四条 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称《申请单》，附件3）。

问题中的情况属于部分退回，那么你公司可以向你的主管税务机关提出《开具红字增值税专用发票申请单》退回部分货物，将《开具红字增值税专用发票申请单》交给销售方，销售方凭《开具红字增值税专用发票申请单》开具红字发票予以冲减。
参考资料：国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知

用发票联也可以认证的，让对方赶快到当地税务部门用发票联认证，并在当月入帐以抵扣进项税，免得过了认证期很麻烦的。现在过了90天的认证期税务部门是不允许开销项负数的。