增填税发票发票联与抵扣联丢失并超过90天认证时间如何处理？

你可以参考一下国税相关文件，它把如何处理丢失增值税防伪税控发票,说的很清楚的：

　　国家税务总局关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知
　　国税发[2002]10号

　　各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局:
　　为解决增值税一般纳税人(以下简称一般纳税人)丢失增值税专用发票产生的涉税问题，现将一般纳税人丢失增值税防伪税控系统开具的增值税专用发票的有关税务处理问题明确如下:
　　一、一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前已通过防伪税控认证系统的认证，购货单位可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”(样式附后)，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
　　一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前未通过防伪税控认证系统的认证，购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证，认证通过后可凭该发票复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
　　二、一般纳税人发生丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票情况，必须及时向所在地主管税务机关报告，税务机关应对其报告的丢失发票是否已申报抵扣进行检查，对纳税人弄虚作假的行为，按照有关的法律法规进行处理。
　　三、本通知自2001年7月1日起执行。原《国家税务总局关于加强增值税征收管理工作的通知》(国税发[1995]015号)第三条第二项的有关规定同时废止。
　　附件:增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单

　　国家税务总局
　　二○○二年二月一日

　　关于普通发票的遗失，国税规定如下：
　　增值税专用发票遗失、被盗
　　服务对象：发生专用发票遗失、被盗的一般纳税人。
　　条件要求：企业填写《遗失被盗增值税专用发票