wi might have had some physical evidence

同意ZJ990613的说法.另外说明一下2个HAVE,第一个HAVE是完成时的固定用词,是完成时的句子都会用到HAVE;第2个HAVE(HAD)表示得到.取得的意思,就算这句子不用完成时,这个HAVE还是肯定需要的.

虚拟语气
表示本应该但是没有
现在完成时的虚拟
我们本可能已经得到一些物理迹象

这是一个虚拟语气的句子，意思是我们本还可以收集一些物理证据，但是事实上没有这么做，是过去完成时

时态:现在完成时
语气：虚拟语气（might表示不确定，主观上认为可能性很小.类似Could的用法）
意义：我们本可能已经有了些身体迹象(或物质证据，要结合语意)。
第一个Have是助动词，第二个是实义动词表示“有”的意思。