超过认证期限的进项税额，计入成本费用中应纳所得额是不是允许列支，

可以税前列支,抵减应纳税所得额.

是可以税前列支的。

这个进项税计入的相关成本或是费用或以税前扣除的。

所以不用担心。

超过认证期限的进项税额，按照规定不能抵扣，只能记入原材料的采购成本，最终组成销售成本（主营业务成本）的一部分，当然能够在税前扣除。